平凡的高中生洛璃做夢也想不到，自己居然在某一天被隔壁班的美女同學告白了，而且第二天就進行了初次的約會！
而正當他在約會的那天晚上以為還會和對方更多的發展些什麼的時候，意外卻降臨在了他的身上——名為莉莎醬的美少女，宛如惡魔般貫穿了他的身體，並挖走了他的心臟。
幸運的是，在洛璃認為自己的生命就此終結的時候，某個人卻在最關鍵的那一刻救了他。並且救助他的人是——洛璃一直以來作為女神般瞻仰的學生會會長莫葉。
在進行一段時間的詳談之後，洛璃終於瞭解到，在這安然的世界背後，暗藏着讓人難以置信的生物——天使、惡魔與精靈。每當它們現界活動的時候，都會造成非常大的麻煩。而為了阻止這些危難的發生，人類自發努力，並通過各種方法成立了對抗組織THW與LD。最重要的是，經研究發現，在這些生物的體內，都存在着不同的巨大能量的零子碎片。只要收集相當數量的碎片就可以製造出大空洞，將這些災害的根..
“為什麼會這樣....”
“恩，或許對你而言發生的事情還太過於讓人難以置信。但是...這的確是涉及到我一直以來所需要執行的任務。”
銀髮的少女輕輕揚起嘴角，那明亮的綠色眼眸散發着和藹的笑意。
“那就是——代號：零子計劃。”